L’Union Européenne a adopté depuis 1975 une trentaine de directives ou décisions communautaires (eaux de baignades, zones conchylicoles, zones sensibles, Natura 2000, etc.) reposant sur une double approche de lutte contre les rejets de substances dangereuses dans l’environnement aquatique et de définition de normes de qualité concernant des zones particulières.

Pour améliorer l’efficacité de cette politique et assurer une meilleure cohérence entre les différentes directives, les Etats-membres ont demandé à Bruxelles de préparer une directive cadre qui a été longuement discutée depuis 1995 avant d’être adoptée en septembre 2000. Cette directive entraînera donc l’abrogation de nombreuses directives, selon un échéancier fixée ; la directive 79/923 modifiée par la directive 91/692 relative à la qualité requise des eaux conchylicoles sera ainsi abrogée en 2013. Seules seront maintenues les directives concernant les eaux destinées à la consommation humaine, les eaux de baignade, les eaux résiduaires urbaines et les nitrates d’origine agricole.

Les bassins hydrographiques de chaque territoire national sont regroupés en districts hydrographiques. Les eaux côtières, dont la directive donne une définition, sont rattachées au district hydrographique le plus proche. Des plans de gestion des districts hydrographiques (ce qui correspond au SDAGE français) sont élaborés tous les six ans.

Dans les quatre ans suivant la date d’entrée en vigueur de la directive, il sera fourni, pour chaque district hydrographique :

-	une analyse des caractéristiques biologiques, hydro-morphologiques et physico-chimiques de chaque type de masse d’eau,
-	une étude des incidences de l’activité humaine sur l’état des eaux.

Les Etats membres établissent, également dans les quatre ans, dans chaque district hydrographique, un registre des zones protégées nécessitant une protection spéciale au titre d’une législation communautaire spécifique (zones conchylicoles, eaux de baignade, eaux de plaisance, zones vulnérables au titre de la directive « Nitrates », zones de protection des habitats et des espèces).
Chaque pays établit pour chaque district hydrographique « des programmes de surveillance de l’état des eaux afin de dresser un tableau cohérent et complet de l’état (écologique et chimique, et du potentiel écologique) des eaux » et des zones protégées.

La directive donne la liste indicative des principales familles de polluants. Parmi ces polluants, certains dits « substances toxiques prioritaires » feront l’objet de mesures visant à réduire progressivement leurs rejets. Pour ces polluants, un suivi devra être organisé avec mesures des concentrations et/ou de l’écotoxicité. Le nombre de polluants suivi en métropole devra donc être augmenté. Pour les DOM, tout reste à faire.

La directive laisse à chaque Etat membre le soin d’apprécier le « bon état » écologique et chimique de ses différentes masses d’eau de surface, sur la base de travaux scientifiques, mais tout en restant dans un cadre normalisé par la directive. Ce cadre est l’objet des 30 pages de l’annexe V de la directive, qui, pour les eaux de surface, précise :

1.	Les éléments de qualité pour la classification de l'état écologique ; pour les eaux côtières, la directive spécifie les paramètres obligatoires.
2.	Les définitions normatives des classifications de l'état écologique (en 5 classes : très bon état, bon, moyen, médiocre et mauvais) pour les rivières, lacs, eaux de transition et eaux côtières, ainsi que la définition des potentiels écologiques maximal, bon et moyen, et l’établissement des normes de qualité chimique ;
3.	La conception de la surveillance de l'état écologique et de l'état chimique des eaux de surface, avec l’établissement de programmes de contrôle de surveillance et de programmes de contrôles opérationnels sur les sites où les masses d’eau courent un risque en raison de pressions.
4.	L’inter-étalonnage entre les Etats-membres pour rendre cohérent les classes, à l’aide des ratios de qualité écologique, avec identification de sites tests, et normalisation des couleurs de présentation des résultats des contrôles et classification des états écologiques et des potentiels écologiques.

Les Systèmes d'Evaluation de la Qualité des eaux (SEQ), opérationnels ou en cours de développement, des cours d’eau, des plans d’eau et des eaux littorales sont dans l’esprit de la directive et permettront d’évaluer le bon état des masses d’eaux. Le premier exercice d’inter-étalonnage prévu 5 ans après l’entrée en vigueur de la directive, soit fin 2005.

La politique de l'Eau dans le Finistère